语言障碍和缺乏对视是自闭症儿童最先被发现的两大特征，学术界对于病因也莫衷一是。人们普遍认为，自闭症语言障碍的病因包括先天和后天两方面：
一、先天因素：
1、脑缺氧和脑毁伤
自闭症儿童出生时，由于难产或其它因素造成孩子缺氧或脑毁伤，使大脑中负责语言的器官发育不良，形成语言障碍。具体表现为口语发生和发展缓慢，或没有主动性语言，只能被动地用简单的字和词应答，同时常常伴有智力缺陷。这类语言障碍治疗起来比较困难，需要一对一的训练。
2、中枢神经体系疾病
2岁以上的孩子患中枢神经体系疾病（如脑炎、高热惊厥、病毒熏染等），如果没有及时医治或处理不当，就可能造成脑组织损伤，使孩子失去患病前已有的语言能力。这种语言障碍称为“失语”。一些医治原发病和应用于亲智能神经的药物，会使语言障碍症状加重，但也可能帮他们规复正常。
3、发音器官畸形
一些孩子喉部畸形，由于口腔腭裂、唇裂及舌体畸形而形成语言障碍。主要特点是孩子可以发音，但说话不清楚。对于这类孩子，应先在3岁前矫正畸形，再进行语言训练，大多数完成矫正手术的自闭症儿童都会清楚地说出话。
二、后天因素：听力异常导致语言障碍
语言发展需要依靠听力的辅助，很多听力不健全的孩子都会出现语言发育迟缓。自闭症患儿在幼儿期服用某些药物（如庆大霉素、利尿药等），会导致内耳中毒，听力降落，进而产生语言障碍。由耳毒性药物形成语言障碍的自闭症儿童，最佳干预时间是3岁，错过了最佳治疗期，语言障碍就很难得到改善了。
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