怀孕期间感染
女性在怀孕期间由于病毒感染，如流行性感冒病毒、麻疹病毒等的感染，可导致胎儿的脑部发育受到损伤，也会导致孤独症的发生。
脑部损伤
怀孕期间由于窘迫性流产等因素可造成大脑发育不全，或者在生产过程中出现难产、早产，或在婴幼儿时期感染了脑膜炎等疾病，都会对大脑造成伤害，从而增加患孤独症的风险。
遗传因素
孤独症的发生与遗传因素也有一定的关系。在孤独症的患者中，约有20%可以在其家族中找到语言发展迟滞、智能不足以及类似于孤独症的亲属。
新陈代谢疾病
孤独症还可能与新陈代谢疾病有关，如苯酮尿症等疾病就会造成脑细胞的功能失调和障碍，对脑神经讯息的传递功能造成影响，从而导致孤独症的形成。
其他可能性因素
还有人认为自闭症跟婴儿出生时注射的疫苗有关，但目前为止没有有力的证明去证实此猜疑，还有人认为孤独症的发生产生于对外部世界的逃避。行为主义学家认为，父母对孩子行为的不当强化，也会引发孤独症。
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