由于儿童早期症状相似，因此有许多疾病被误认为是自闭症。相反，有自闭症和被忽视，自闭症也有容易的并发症。
1、认知障碍
这种疾病本身可能似乎是自闭症，因为它通常伴随着智力残疾。然而，智力残疾并不一定与自闭症合并。根据症状程度可分为严重，重度，中度和轻度4个阶段。
2、抽动障碍
神经系统疾病之一。症状出现在上半身，如眨眼，摆动，脸部做鬼脸，弯腰，抬高肩膀等。大跳，步，脚步等。 这种症状类似自闭症并发症的疾病，但如果抽动症状明显，则在自闭症之前就会怀疑“抽动症”。
3、情绪障碍
这是一种精神疾病，不能很好地控制他的情绪，总是不稳定，很难采取适当的行动，但它经常被误认为是自闭症。父母的教育方式，以及家庭恶劣的环境可能是情绪障碍的根源。
4、学习障碍
是指与理解、运用语言有关的一种或几种基本心理过程上的异常，导致儿童在听、说、读、写、思考或数学运算方面显示出能力不足的现象。这些异常包括知觉障碍、脑伤、轻微脑功能失调、阅读障碍和发育性失语症等情形。但LD一词不包括因视觉、听觉、动作障碍、智能不足或环境、文化、经济等不利因素所造成的学习问题。
5、癫痫
即俗称的“羊角风”或“羊癫风”，是大脑神经元突发性异常放电，导致短暂的大脑功能障碍的一种慢性疾病。据中国最新流行病学资料显示，国内癫痫的总体患病率为7.0‰，年发病率为28.8/ 10 万，1年内有发作的活动性癫痫患病率为4.6‰。据此估计中国约有900万左右的癫痫患者，其中500～600万是活动性癫痫患者，同时每年新增加癫痫患者约40万，在中国癫痫已经成为神经科仅次于头痛的第二大常见病。
6、注意力欠缺/多动障碍
这是一种在儿童和成人中都可见的疾病，在男性中似乎比女性更常见。注意力不集中，多动，冲动，然而，ADHD不一定是因为人的动机或父母的教育。因为它是一种天然的脑功能障碍。
7、苯丙酮尿症
苯丙酮尿症（PKU）是一种常见的氨基酸代谢病，是由于苯丙氨酸（PA）代谢途径中的酶缺陷，使得苯丙氨酸不能转变成为酪氨酸，导致苯丙氨酸及其酮酸蓄积，并从尿中大量排出。本病在遗传性氨基酸代谢缺陷疾病中比较常见，其遗传方式为常染色体隐性遗传。临床表现不均一，主要临床特征为智力低下、精神神经症状、湿疹、皮肤抓痕征及色素脱失和鼠气味等、脑电图异常。如果能得到早期诊断和早期治疗，则前述临床表现可不发生，智力正常，脑电图异常也可得到恢复。
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