学术界对于儿童孤独症的成因一直存在争论，没有形成统一的答案。综合而言，专家们的观点主要集中在以下两方面：
1、与生物体本身有关
欧美科学家经过五年的联合研究，在第2、7、16和19对染色体上发现了导致儿童孤独症的切面。这一发现为彻底解开孤独症之谜，为预防和治疗孤独症带来了新的希望。然而，科学家们至今也没有观察到孤独症儿童的大脑发育和活动情况。
但研究一直没有间断，在神经病理学方面，一些研究者通过动物模型研究发现，大脑边缘系统可能与孤独症存在密切关系。
边缘系统中主要是杏仁核和海马回与孤独症有关。杏仁核呈杏仁形状，是控制人类情感和攻击行为的皮层下中枢。强迫行为、社会行为退缩、不了解危险处境、不能从记忆库存中提取信息、不能调节自己来适应环境或新事件都与海马回受损有关。
杏仁核还负责对多种感觉进行应答反应，例如声音、光线、味道和与感情、恐惧相关的刺激。孤独症个体对这些刺激的反应存在障碍。通过去除杏仁核或外科手术损伤，可以在动物身上重现孤独症儿童的情感淡漠行为和攻击行为。
海马回是负责学习和记忆的一个中枢。孤独症儿童在遇到新情况时无法运用已往储存的信息，可能就与海马回有关。损伤海马回可以在动物身上重现刻板行为、多动行为和自我刺激行为。
2、社会发展环境和信息污染
孤独症在诸多被称为“现代病”的名单中位居前列，信息污染是很多专家公认的造成目前孤独症儿童日趋增多的罪魁祸首之一。人类被信息包围和淹没，造成一部分人在潜意识里排斥信息、厌倦人际交流，从而“影射”到后代身上。而社会竞争的加剧、生存压力的加大，导致家庭缺乏亲情和爱意，可能也是孤独症的一大诱因。
一些家长平时忙于工和应酬，对孩子态度粗暴或漠不关心，受了气就发泄在孩子身上；有些孩子本来只有一些孤独倾向，父母却因为他表现不如别的孩子，就对他大加指责，甚至大施拳脚，使孤独症倾向演变成真正的孤独症。
还有一种“蛋壳理论”认为，现代住宅过于封闭，孩子被关在里面，缺乏与外界的交流，容易导致孩子患上孤独症。空气、水源和食物等污染，也可能会影响胎儿，诱发孤独症。
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