日益增多的证据表明，改变饮食结构，增加缺乏的营养物质，可以治疗孤独症。很多研究人员发现，对于某些孤独症患者来说，对食物的过敏性反应是一个不容忽视的因素。
到目前为止，对于孤独症患者来说，最常见的不良食物是麸质(如：小麦)和酪蛋白(如：牛奶)，还有其它食物或某些食物中含有的其他物质(如酚)。尽管孤独症患儿对食物的某些不良反应可能是真正的过敏反应，但对麸质和酪蛋白的某些反应可能是非过敏反应。麦麸中的肽和酪蛋白中的肽具有类似阿片的活性，已经证明类似阿片的肽对自闭症儿童的行为有不良影响。由于对食物敏感，一些孩子的孤独症症状已经得到缓解。
很多孤独症儿童因饮食问题而营养不足，他们普遍缺乏维生素A、维生素D、叶酸、铁、硒、辅酶、锌、维生素C和维生素E。特别是以上前三项缺乏的儿童数目较多，应通过检查后有针对性地加以补充。动物肝、深绿色蔬菜、西兰花、菠菜、胡萝卜都含有大量维生素A。日晒可以有效地促进维生素D吸收。绿色叶菜，豆类，柑橘类水果，谷物中富含叶酸。
孤独症谱系障碍儿童也常患叶酸缺乏症。多数情况下，它似乎是由产生自体抗体引起的。使用亚叶酸(0.5-1.0毫克/天)。若6个月后仍无改善，则可增加至每日2毫克/公斤，每日最高50毫克/公斤。另外，如果发现不足，应补充营养。这种疗法可以使患儿在5-MTHF水平较低的CSF中，出现FRα自身抗体，从而改善孤独症患儿的临床症状。以上程序仅供参考，请在医生指导下服用。
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