主要原因可以从以下几个方面分析:
1.减少疾病痛苦
一些自闭症儿童的问题行为旨在缓解和抵抗疾病本身带来的痛苦和不适。早期自闭症属于相对严重的精神心理障碍，考虑与基因遗传有关，病因较为模糊。随着患者年龄增加，与家长进行较明确的互动时，自闭症状会逐渐明显，患者会出现较难与周围人建立互动、联系的现象。自闭症患者早期会出现与家人互动较差的症状。患者年龄增加时，较易确诊。自闭症行为对于自闭症的孩子来说，需要到医院做一个排除诊断，也就是看患儿是否有听力上的问题；因为有些孩子是因为听不到才无法和外界交流的，而自闭症的孩子是可以听到的。一般来说，可以给孩子一定的声音刺激，这样就可以判断孩子听力是否有问题。中度自闭症与老人有代沟，家长远在天边，也照顾不周，就很容易出现自闭症儿童。在这种情况下，问题行为的作用不是得到什么或者传达什么要求。
自虐的孤独症和其他发育障碍儿童可能有不同的身体和医学问题(gedye1998)。一些自闭症儿童由于局部疼痛或不适而在某些区域打自己，如果他们不能表达自己，更有可能从事受虐行为。例如，一些孩子不停地用头撞墙，或者用手敲耳朵或太阳穴，这些行为经常是长期的和不自觉的。有些孩子还表现出自我约束的行为，比如用衣服绑住胳膊。患有慢性中耳炎、慢性牙痛、慢性胃肠道疾病的自闭症儿童，以及有癫痫病史和长期服用抗癫痫药物的青春期女孩，最有可能使用这些行为作为止痛药，可能加剧这些行为问题。
要了解自闭症儿童自虐行为和其他问题行为背后的原因，医生首先要对儿童进行必要的全面检查；其次，工作人员要了解家属的相关病史，因为有些疾病可能是遗传的。了解儿童家庭的相关病史，有助于了解儿童可能的病变。此外，系统地观察和记录当时的时间、地点、环境因素和儿童的状况，如心理压力、饮食和睡眠等，然后仔细分析这些数据或信息，从而了解儿童行为的具体目的和作用，也是非常重要的。
2.追求感觉刺激
一些自闭症儿童喜欢不停地在眼前摇晃手指或用手指挖眼睛和鼻子，可能是因为他们能获得特殊的信息，这是一种自我刺激驱动的行为。
每个人都需要各种各样的感官刺激，心理学家早就注意到，如果没有足够的感官信息，人们就有可能做出各种各样的有问题的行为，包括为了满足自己对感官信息的需求而采取的受虐行为。一些研究人员推论说，如果自闭症儿童的受虐行为的动机是为了满足他们对感官信息的需求，那么如果给予他们足够的感官刺激，受虐行为的频率应该会逐渐降低。当研究人员给有受虐行为的自闭症儿童一些增加触觉信息的游戏设备时，他们发现受虐行为的显著下降----施虐受虐行为的感官刺激是这些行为的原因。
重复刻板行为的原因(如晃动手指等。)可能是为了获得特殊的视觉信息。
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