自闭症患者并不一定有智力障碍。不幸的是，有时患有自闭症的孩子可能会因无法进行言语沟通而被误认为有智力障碍。在20世纪80年代，69%的自闭症患者被同时诊断为有智力障碍。当研究开始细化自闭症的诊断标准时，同时有两种障碍的儿童人数有所下降，在2014年这一几率为30%。
这种误诊可能是因为导致自闭症的基因，也会导致智力障碍。虽然智力障碍会有一些社交问题，但自闭症人士并不一定有智力障碍。在进行自闭症筛查的时候，也进行智商测试将有助于对这两种状况进行区分，不过，可能需要采用非言语的智力测试。2007年的一项研究让38名自闭症儿童接受非言语的智力测试，并让他们也参加针对具有“典型言语技能”人群的智力测试。孩子们在非言语的测试中平均得分高出了30分。
许多自闭症谱系障碍儿童能够学习和记住细节，他们可能擅长数学和科学等学科，或在音乐和艺术等创造性领域表现出色。
美国国家神经疾病和中风研究所(NINDS)隶属美国国家卫生研究院(NIH)，该机构通过自闭症卓越中心(ACE)支持自闭症谱系障碍的研究，以寻找自闭症可能的原因和治疗方法。一些ACE中心正在研究怀孕期间和婴儿生命早期阶段的各种风险和因素，比如遗传、大脑发育和运行的神经系统组成、生理甚至环境因素。美国国家神经疾病和中风研究所(NINDS)还利用一些大脑成像研究来比较自闭症人士与非自闭症人群，以了解两者间神经系统的差异，也许能发现有用的干预方法或治疗方案。
能够区分自闭症与智力障碍(如果两者没有同时存在的话)，对于让孩子获得他/她所需的正确类型的帮助和支持很重要。
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