容易被误诊为自闭症的几种病症，我们要在评估诊断中将其区分开，它们的症状表现有以下几种：
一、选择性缄默症
在选择性缄默症中，早期发育通常不会被干扰。儿童在一些背景和环境下会表现出恰当的交流技能。即使在儿童缄默的场所，社交的交互性也没有受损，也不会出现受限的或重复的行为模式。
二、大脑萎缩性高血氨综合征
社交互动的破坏可能在大脑萎缩性高血氨综合征的退行阶段被观察到（通常在1-4岁）；因此，很大比例的患病女童可能存在符合自闭症谱系障碍诊断的表现。然而在这一阶段之后，大多数有大脑菱缩性高血氨综合征的患者的社交能力会改善，而且自闭症的特征不再是主要问题。因此，只有当所有诊断标准都符合时，才考虑自闭症谱系障碍的诊断。
三、精神分裂症
精神分裂症通常在儿童期起病，在一个正常或接近正常的发育阶段后出现。前驱期状态是指社交损害、非典型兴趣和信念，这些症状容易与自闭症谱系障碍中的社交缺陷混淆。作为精神分裂症特征的幻觉和妄想，并不是自闭症谱系障碍的特征。然而，以上必须考虑到有自闭症谱系障碍的人士在解释精神分裂症关键特征相关问题时，会有潜在的具体化倾向，比如，“你在没人的时候能听见声音吗？”“能（在手机音频里）”。
四、其他共病
自闭症谱系障碍常与智力损害和结构性语言障碍有关（患者无法使用恰当的语法理解和构建句子），当适用时应该备注相应的标注。许多自闭症谱系障碍人士存在不构成该障碍诊断标准的精神疾病症状（约70%有自闭症谱系障碍的个体可能有一种共病的精神障碍，40%可能有两种或多种共病的精神障碍）。
当患者同时满足注意缺陷多动障碍和自闭症谱系障碍的诊断标准时，医生应给予两种诊断。同样，同时存在自闭症谱系障碍和发育性协调障碍、焦虑障碍、抑郁障碍的诊断及其他共病的诊断也适用。在那些不能讲话或有语言缺陷的人士中，如果存在睡眠或进食的改变和挑衅性行为增加的迹象，则应进行焦虑或抑郁的评估。
与发育性协调障碍一样，特定的学习困难（识字和识数）也很常见。与自闭症谱系障碍有关的常见的躯体疾病包括癲痫、睡眠问题和便秘。回避性或限制性摄食障碍是自闭症谱系障碍的常见特征，而且可能持续存在极端和有限的食物偏好。
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