孤独症学校的教学组织形式中，最常见的一种是集体教学。
集体教学（即班级授课或课堂教学）通常是指教师在时间内按照班级中一般学生的水平，就同一问题对全班学生（两个以上）进行基本满足学生需要的教学，无论普通教育还是特殊教育，集体教学都是最普通的课堂教学组织形式。
1、教师面向全体学生，讲解某一课题，然后向学生提问和为学生解答有关问题，最后提供相应的联系和作业。教师也可以要求某个孤独症学生回答问题，监督某个学生完成作业，并进行个别辅导。其座位的编排、摆放可以是多种形式。
2、集中授课、分组辅导的教学方法，即教师集体授课后，让学生分小组进行操作练习，教师（主教、助教）分头指导学生操作。孤独症学生可以通过多种方式，如在手、脑并用的操作过程中，对前面所学的知识进行现固和练习。在采用此种教学方法时，教师要根据学生的能力、缺陷、差异以及授课和操作的内容，灵活地安排学生的座位，以便于分组辅导。
3、集体教学能有效地指导和管理大量学生，让每个学生都参加集体学习、集体游戏活动，有利于培养孤独症学生的集体意识和交往能力。但是，集体教学注重全体学生能力、兴趣学习特征和动机等方面的相同性，却忽略学生的个体差异性，不能满足千差万别的孤独症学生的接受能力、个体需要和兴趣，所以不利于孤独症学生的个性发展。
孤独症学校的另一种组织教学形式，是分组教学。
孤独症学校会充分考虑学生的个体差异，在根据孤独症学生的年龄和智力水平进行分班的基础上，实行以目标分层、评估分层为主要特征的班级分层与分组教学。
分组教学是班级课堂集体教学中，按照学生的残疾程度发展水平和学习能力，或者是特定时间内教学的需要，把学生分成若干小组，以不同的方式进行教学，给每个学生以机会参与学习，教师有更多的机会和时间指导每个学生。这对增强孤独症学生的合作性和社会技能，培养师生间、同学间的人际关系，提高学生的学习兴趣和学习效果有直接的帮助。
在孤独症学校中，交叉分流教学会根据学生的兴趣、爱好、特长和有关的教学内容，在原有的两个以上班级间，将孤独症学生交叉，重新组合新的“临时”班级和小组进行教学。交叉分流教学使教师更加注意尊重学生的人格和尊重学生的兴趣、爱好、个性、特长，从很大程度上体现“以生为本”的精神，并能充分调动和增强孤独症学生学习的积极性、主动性，促进学生全面发展，体现了素质教育，促进学校个别化教育训练的发展。
孤独症学校的第三种教学组织形式，是个别训练。
个别训练主要指一对一的训练。即教师在集体教学的课堂之外，根据孤独症儿童的特殊需要专门安排时间，按照计划进行有目的的一对一训练，充分发挥孩子的个性特长。
一对一训练适用于参与、模仿、语言、认知能力和精细动作等项目的训练，也包括生活自理、听一步指令、粗大动作等项目。
个别训练需要一个视觉和听觉刺激很少的、相对固定的环境，即一对一的个别训练室。房间布置要尽量简单，以暗色调为主，但光线要充足，周围不要有可以吸引孤独症儿童注意力的物品，墙壁颜色以白墙为主，条件允许的话可在墙壁的适当位置安装能做观察用的单向透视镜。
个别训练室内摆放一个小桌子和两把小椅子，椅子的高度必须以能相互对视为准；地上铺有地毯；根据训练内容及其需要，在训练室内配置必要的教材教具。教学中可以根据需要增加指导者从旁协助教学；训练时一定要选准可以促进孤独症儿童行为能力发展的增强物；随着孩子在个别训练中的发展，逐步进入小组或团体中做泛化训练，使得个别指导中所习得的行为在小组教学、集体教学及生活实际中继续发展。
个别化教学计划实施过程中，教师一定要根据孤独症儿童的能力把任务（知识、技能、行为、习惯等）分成若干很小的步骤，再把每个步骤细分成数个工序或更小步骤，一步一步地教，让儿童较易完成训练目标，尽量使他们在训练过程中容易成功，从而建立成功感，提高学习的信心和兴趣。
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