在儿童自闭症药物治疗方法中，补充消化酶和褪黑激素是比较常见的两种。尽管他们无法根治自闭症，但对控制部分症状确有奇效。
自闭症患者摄入的食物，在消化道经过各种消化酶的作用，将其中的大分子分解为小分子，以利于营养物质的吸收。各种营养物质都有其相应的消化酶，不同的酶又有赖于不同的蛋白质、碳水化合物和脂肪等原料的合成。
相当多的自闭症患者在发育早期有肠道问题，可能为特定消化酶的浓度或/和活性低，对此可适当补充相应的消化酶。全面检测大便能发现是什么食物消化不良，从而考虑补充什么样的消化酶。蛋白质消化不良需要补充蛋白酶，脂肪消化不良需要补充脂肪酶，碳水化合物消化不良需要补充二糖酶等。
褪黑激素是自闭症患者在夜晚自然分泌的一种内分泌激素，有调节睡眠的作用。许多自闭症患者存在睡眠问题，包括人睡困难，易醒，早醒。这些问题有的可能与肠道功能失调有关，在肠道问题解决以后，睡眠可以逐渐改善。如果睡眠问题持续存在，应考虑褪黑激素的影响。
日光照射下，甚至是夜晚的灯光照射，都可能使褪黑激素分泌明显减少，所以，首先要限制光源，其次再考虑补充褪黑激素。其用量可由1mg/天（儿童0.5mg/天）开始，视情况逐步增加至2-5mg/天（儿童1-2mg/天），晚上1次顿服。如果属于夜晚易醒，可选择分次服用。褪黑激素一般是很安全的，大剂量动物试验未发现明显毒副反应。
通过补充消化酶和褪黑素进行儿童自闭症药物治疗，还是在医生的指导下、适度适量的进行。
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