孤独症是一种影响大脑正常发展的神经性障碍。这种生理障碍严重影响儿童的行为能力、社会互动、和沟通技巧。研究表明，孤独症儿童大脑中信息通路没有有效地连接起来。虽然信息通路有时能够正确的连接，但大部分的时间它没有连接好，或得到完全没有连接起来。这造成了孤独症儿童无法像正常发展的孩子那样接收集和处理信息。很多家长似乎在一定程度忽略这个事实，认为孩子心理上不愿意学习或主观上不愿意付出努力。
有些孤独症儿童也同时受到其他损害大脑功能的疾病影响，如癫痫或精神发展迟滞、或遗传性疾病。大约有百分之二十五左右的孤独症患者在一生中可能发生癫痫。
一些被诊断患有孤独症的儿童也被测试出精神发展迟滞。虽然我们对于孤独症的了解得比以前更多了，但是由于孤独症的儿童的思维方式和学习方式显然与我们不同，我们目前的测试方法可能并不完全可靠。
虽然孤独症并非是心理障碍，但绝不能忽视自闭症儿童的心理障碍。而且在对孤独症儿童进行教育干预时，也必须考虑到他们的心理特征。因为孤独症儿童的沟通、行为和社会交往能力非常差，所以他们跟其他残障人士一样，也很容易产生心理障碍。特别在与人际交往中表现出退缩、害怕失败等等。
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