调查显示，自闭症教育机构面临的最大困难和挑战依次是机构专业化发展的39%，经济资源的18%，监护人的工作的9%，职业地位的压力的8%，政策机构的5%，机构的规范化的5%，社会的认可和支持的5%，高龄自闭症的问题的4%等。
专业化发展主要指自闭症教育机构团队的专业素质，包括教师和培训。回答者说:一是特殊学校教师的编制没有明确的标准，特殊教师的编制现象非常严重，二是特殊教师的工资比普通教师明显低，特殊教师队伍不稳定，三是特殊教育缺乏充分的继续教育平台和机会，特殊教师的专业化发展程度不高，四是评价优秀评价奖、晋升等，特殊教师的机会和平台少，教师的成就感不强。
经济资源方面，在调查的自闭症教育机构中，民非机构提到了资金压力。例如，青岛某幼儿园说:教师的工资和待遇支出是我们面临的最大资金压力，网站租赁、设施和设备的日常维护和改造所需资金巨大。
监护人的工作主要是自闭症教育机构与监护人的交流和监护人的训练内容。新疆一家自闭症教育机构说:很多家长不知道自闭症的症状和预后的发展，不能承认自己的孩子是自闭症，依赖心很重，孩子来机构训练就能正常说话，正常上学。这给正常教学带来了一定的困难。山西省某自闭症教育机构也提出如何有效开展家长训练是他们面临的一大课题。在
职业地位压力方面，天津市某自闭症教育机构说:自闭症教师工作压力大，社会成就感低。除了
之外，自闭症教育机构还提出了政策对机构的支持少、社会大环境的认可、接受和支持不足、机构管理的规范化存在问题、老年自闭症患者的状况令人担忧，职业训练落后于发达地区等问题。
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