在用精神药物治疗自闭症儿童的时候，要遵循已下基本原则：
一、全面了解患儿的病情
在选择适当的药物治疗时，要全面了解自闭症儿童目前的功能状态、家族史和既往治疗史。可以通过家长提供的病历卡、医疗证明、诊断证明、用药记录等来了解所需要的信息，针对什么症状用了什么药？疗效如何？家族中如有类似症状的患儿用什么药物效果比较好？什么原因使之转诊治疗的？
二、学会识别和处理特殊症状
有些自闭症儿童可能伴随特殊的症状，例如，部分患儿存在摇头、挤眉弄眼、扮怪相、耸肩等运动抽动症状，或是清嗓子、咳嗽、怪叫等发音抽动症状。医生要能够认识并且做出正确诊断，正确选择药物进行治疗。
三、药物治疗是综合干预的一部分
对自闭症儿童而言，药物治疗不是全部，也不是唯一的疗法，它是综合干预或综合治疗的一个组成部分。综合干预应该包括行为矫正、感觉统合治疗、心理社会治疗、特殊教育、生活技能训练、沟通技能训练等。所以，药物治疗是某些自闭症综合治疗的基础，没有药物治疗，其他治疗方法往往难以取得理想的效果；但离开了综合治疗，药物治疗往往会苍白无力，甚至完全无效。
四、尽量使患儿参与到治疗中
自闭症儿童的年龄、症状和功能状态各不相同，对治疗的理解和配合程度也不一样，如果患儿有一定认知能力，在治疗时要尽可能地使其理解治疗方法、目的和药物副作用，尤其是对高功能自闭症更为重要。这样不仅可以使患儿增加治疗的依从性，建立良好的治疗联盟，还能减少对治疗的恐惧、负面影响和错误认识。
五、家庭成员的有效参与
家庭成员和学校老师、医生一样，对自闭症治疗非常重要。家庭成员要有爱心、热心和耐心，要了解药物治疗的方法、使用药物的作用和副作用、会观察药物的效果、出现药物副作用时能及时与医师取得联系、监护患儿服药。在自闭症康复机构，家庭成员的参与和所起的作用是任何人都达不到的。
六、合理用药，定期随诊
所有用于自闭症的治疗药物，都必须在专科医师的指导下进行，不可自行买药，擅自用药。在药物治疗的最初阶段，医师要至少每个星期见到患儿一次，若干星期病情稳定后，药物治疗基本上进入维持治疗阶段.这时的随诊时间可以适当延长，一两个月见一次医师，以便及时观察疗效副作用和调整药物剂量。
七、安剂效应
有些药物带给自闭症儿童的作用可能来自药物治疗这一行为，而不是药物的真正治疗作用，这种效应称为安慰剂效应。安慰剂效应可能来自患儿本人、家庭成员、医生和其他工作人员，将药物的安慰剂效应判断为药物的治疗作用，往往会给治疗带向歧途，影响最终治疗效果。
以上就是精神药物治疗自闭症的基本原则。
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