在特殊学校就读的孤独症学生，原则上应与校内其他学生一样，学习相同的校本课程，从语文、数学、科学、科技、艺术、体育，以及个人、社会及人文教育这八个学习领域中，获取学习经验，并且培养共通能力。
1.个性化训练课程
孤独症学生的学习特性，与一般的弱智学生有别。为帮助他们克服学习障碍，教师可策划深化辅导课程，或通过校本课程的内容和活动，因应学生的能力和需要，加强下列学习范畴的训练：
①学前技能训练，包括安坐、目光接触、专注力、服从指令等；
②感知肌能训练，包括大肌、小肌、手眼协调等；
③自理技能训练，包括个人整洁及卫生的训练，提高学生自我照顾的能力；
④沟通技巧训练，即语言和非语言理解及表达能力的训练。如学生未能运用口语，须先教导他们运用其他有效的沟通工具，例如图像、文字等；
⑤思维能力训练，包括辨认、分类、配对、排序，以及发展空间、数学概念及想象力等；
⑥社交群处技巧训练，包括认识社交常规、建立正面的社交行为、改善与人相处的技巧，疏导学生的情绪及减少行为问题的产生，例如学习遵守集体游戏的规则；
⑦独立生活技能训练,包括家居生活技能如学习准备食物、清洁家居和家居安全知识等；
⑧社会生活技能，如购物、在外进食、使用公共设施、认识家居附近的环境及往返住所的方法等；
⑨工作技能，如学习简单文书工作、清洁等，以及建立正确的工作态度和习惯；
⑩计算机技能,如学习操作计算机的基本方法，利用计算机进行简单的文书处理及资料搜集等；
⑪休闲活动，如培养良好嗜好，提高参与康乐、运动、文娱和小区活动的兴趣。
2.性教育课程
教师宜配合学生的身心发展，在他们性生理成熟前，及早推行性教育，教授他们正确的知识，帮助他们建立恰当的态度。性教育的课程应包括：
①发展恰当的人际关系：自小教导学生区分家人、朋友和陌生人，明白与不同性别和关系的人应有不同的社交方式和身体接触的方法，学习与别人保持适当的社交距离；
②保护自己：认识什么程度的身体接触是可以接受的，并知道不可随便让他人触摸自己的私处，更不可侵犯他人;
③认识个人的私隐：教学生认识如厕、洗澡、更衣、处理经期等行为要保持隐密与安全,在什么时候、地点可以做或不可以做；
④认识青春期生理和心理的转变：帮助学生明白成长的自然过程，以健康的心态面对身体的转变，不致因焦虑而引致行为问题；
⑤学习处理青春期的个人卫生。
3.不同阶段训练课程
教师宜因应学生的年龄、能力、需要、发展和兴趣，并考虑家长的意愿和期望,在各个成长阶段为他们选取适当的学习目标。例如：
①幼龄和严重的孤独症学生的训练重点：重视基本学习能力训练如社交及沟通技巧训练、认知能力训练、自理能力训练等；
②中学组学生的训练重点：工作技能、良好工作态度和习惯、家居生活技能、一般社会生活技能和康乐及休闲活动等。
4.开发潜能课程
教师应有意识地结合课程，为在绘画、音乐和计算方面有特殊天赋的学生提供训练机会，开发多方面的潜能。
5.差异化课程
若学生同时接受个别、小组或大组辅导，教师应从学习重点、内容、教学策略及评估各方面，研究各辅导模式与整班或整校课程的连贯性和序列性，以确保辅导课程能衔接原班的课程，以及配合个别学生的整体学习目标。
特殊学校的课程设置应该灵活化，以适应不同的孤独症学生，对每一位学生因材施教，对孤独症学生能力的提升有着重大的影响。
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