特殊学校是自闭症儿童教育配置的主要方式。
特殊学校的招生对象主要是身心发展有比较严重障碍的学员，在课程设置、教材、教具和学具、教学设备、校舍建设等方面与普通学校不同。目前，中国特殊学校自闭症教育主要根据教育部2007年颁布的《培智学校义务教育课程设置实验方案》设置课程结构。
该方案明确表示，应立足于自闭症学生的发展需求，根据课程设置原则，注重以生活为核心的思路，整体设计九年一贯的培智学校课程体系。其中包括一般课程和选择课程，前者体现了对学生素质的最基本要求，着眼于学生适应生活，适应社会的基本需求，约占课程比例的70-80%，后者着眼于学生个别发展需求，重视学生潜力开发，功能提高身心康复，为学生提供高质量的相关服务方案规定这两种课程的比例可以根据实际情况适当调整。
有的培智学校在有选择的课程中，试着开设自闭症儿童康复训练课程。例如，每周安排8小时的康复课程，包括感知、交流、社交、心理健康和科学教育、职业康复、职业指导等。也有针对自闭症儿童的特点，发展教育康复课程内容的学校。
作为自闭症儿童的教育配置方式，在实施过程中，培智学校通常采用集体教育、集团康复和一对一个别补偿训练相结合的形式进行。
集体教育是自闭症儿童跟随智力障碍班级进行的教育教育活动，通常由各学科教师教育，教育内容参考智力障碍儿童课程，包括生活语文、生活数学、生活适应、唱歌与律动、运动与保健、绘画与手工和简单的劳动技能教育等。
团体康复是将4-6名自闭症儿童单独组织起来，针对他们共同的发展需求进行的康复活动，内容主要包括视觉音乐治疗和感觉整合训练。
个别培训是指专门针对自闭症儿童发展缺陷进行的一对一补偿培训，需要单排时间，有针对性的培训目标和内容，包括模仿、认知、沟通、社会情绪、社会交往、粗大动作和精细动作培训等。团队康复活动和个别培训课程由专业康复培训师负责实施。
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