孤独症儿童常伴有严重的偏食问题，如只吃某种食物、抗拒某种味道或颜色、拒绝食用未吃过的食物或异食癖等。有学者提出营养因素可能对孤独症的发生发展有重要影响。
谷蛋白或酪蛋白食物（主要是谷类食物和牛奶等）与孤独症关系密切，有学者推测孤独症患儿的胃肠道对谷蛋白或酪蛋白食物产生过敏反应，无法将其彻底分解，而形成了过多的短肽链，这些短肽链具有阿片活性，能够通过消化道进入血液，再借助血液循环到达大脑，刺激人的整个中枢神经系统，从而导致了功能的失调，呈现出各种症状。
孤独症与儿童食用过量的“酸性食物”（如鱼），或与铁及维生素C的缺乏等有关。这还有待进一步的验证，其中的机制也尚不明晰。
孤独症病因研究仍是一个相当年轻的领域，处于各种现象的揭示和一手资料的积累阶段，缺乏具有较强解释力的综合性理论。孤独症的原理、机制中还有很多空白，太多的领域有待进一步的探索和开发，等待科学研究去解开其中的种种谜团，我们也期待能早日揭开孤独症的神秘面纱。
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