雷特综合征表现为女童发病，胎儿期及围生期患儿无异常，出生后6~18个月患儿的体格及精神运动发育可基本正常或呈轻微异常，如翻身、竖颈延迟；随后其体格发育明显减慢，精神运动显著倒退，患儿可丧失已获得的精细运动和粗大运动技能，出现进行性加重的认知功能障碍、手刻板性运动、社交困难、孤独症样行为等症状，并常伴共济失调与惊厥发作。
临床常将典型雷特综合征分为4期：
第一期，早期停滞期(Early-onsetstagnation)。从6〜18个月起，可持续数周到数月，由于症状刚出现，容易被家长忽视。患儿可出现眼的注视减少，对玩具的兴趣减低，学习和运动能力均较差，头围增长缓慢，有孤独症样表现。部分患儿可能存在喂养困难，睡眠节律紊乱，或可能有过多的双手的活动。从9〜12个月始，发育停滞变得越来越明显。
第二期，快速发育倒退期(Rapiddevelopmentalregression)。从1〜3岁起，可持续数周到1年，多是一个逐渐发生的过程，但也可以进展很快。患儿生长缓慢，肌张力降低，精神运动发育停滞或倒退，在清醒状态下开始出现刻板的手的动作，常包括搓手、绞手、拍手、洗手样动作、吸吮手指、单手的手指搓动等，入睡后消失。呼吸节律不规律，如阵发性的过度通气、屏气、呼吸频率增快等，入睡后消失。患儿逐渐出现步态不稳，运动困难；睡眠紊乱变得更加明显；情绪不稳定、易怒；头围的增长更加缓慢。大约有一半的患儿可出现惊厥。
第三期，假性稳定期(Pseudostationaryperiod)。从4~7岁起，患儿的临床表现相对稳定，可持续数年到十年。此时期患儿手的失用、运动障碍和惊厥表现得更为突出，神经肌肉功能继续恶化，肌肉明显僵硬。然而，其孤独症样行为、情绪的异常得到改善。她们对自己的周围环境表现出一定的兴趣，个人的社交能力、反应能力、注意力、交流能力也有一定程度的恢复。
第四期，晚期运动恶化期(Latemotordeterioration)。此期为5〜15岁及成年期，最突出的症状是活动减少，一些患儿失去行走能力，但交流、认知功能及手的技能不再倒退，手的刻板动作较之前减少。由于肌张力异常，患者脊柱侧弯表现得较为突出，还可能有四肢末梢的萎缩和畸形，双足或手的变小，髏关节脱位、屈曲位膝关节的半脱位、踝关节的挛缩等，骨折也常有发生，最终需依靠轮椅生活。雷特综合征的患儿从发病开始，大部分日常生活及大小便不能自理，需要家人的照顾，其便秘、磨牙、睡眠问题困扰着患儿和家长。
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