由于孤独症病因学和生化异常改变没有得到完全阐明，直到目前为止没有有效治疗的特异性药物，尤其对于核心的语言和交流障碍缺乏有效药物。但在某些行为控制方面合理的药物治疗对康复训练和教育有一定的帮助。须指出的是，尚无证据表明有任何神经营养药物对儿童孤独症有效。
（一） 多动行为
哌甲酯对孤独症患儿的注意力缺陷和多动障碍改善效果好，但有报道显示其副作用也明显，可能加重刻板行为、自伤行为、退缩行为，导致过度激惹的发展。可乐定也用来治疗多动行为和儿童睡眠问题。可乐定有口服与贴剂，贴剂对于拒绝吃药的孩子较适用，主要副作用是低血压。近来有学者单独使用新型抗精神病药利培酮（维思通）治疗孤独症儿童多动行为，取得一定疗效，剂量从0.25mg/d开始，最大剂量一般不超过2mg/d。利培酮对于减少攻击行为也有明显效果，副作用较氟哌丁醇明显减少，可以长期使用。
（二） 攻击行为
氟哌丁醇可以用于治疗孤独症儿童攻击行为，也可以用于减少刻板行为、多动和自伤。尽管氟哌丁醇对学习没有帮助，但可以使孩子安静下来而没有镇静作用，遗憾的是,该药引起锥体外系症状很多，长期使用可引起迟发性运动障碍，适合短期使用，合并使用苯海索（安坦）、苯扎托品可以减少副作用。其他治疗攻击行为的药物还有普蔡洛尔（心得安）、卡马西平、丙戊酸钠、丁螺环酮和锂剂。
（三） 自伤行为
阿片受体拮抗剂纳曲酮，对治疗儿童自伤和攻击行为有一定疗效，纳曲酮还有中度改善多动和刻板行为的作用。
（四） 刻板僵直行为
5-羟色胺重摄取抑制剂氟西汀（百优解）可治疗孤独症的刻板行为，而三环抗抑郁类药物氯米帕明（氯丙米嗪）、芬氟拉明由于有较多副作用，包括多动、激动、食欲减退和失眠，现已经少用。
（五） 抑郁
可首选氟西汀，如有躁狂，可使用锂剂。
（六） 惊厥
一般用卡马西平和丙戊酸钠。苯巴比妥、苯妥英由于会引起多动和激惹应避免使用。
（七） 睡眠障碍
可以选用褪黑素，或水合氯醛、可乐定等。
（八） 其他药物和疗法
大剂量维生素B6合并镁剂、二甲基甘氨酸、大剂量维生素C和叶酸治疗、驱汞治疗、免疫治疗、膳食治疗、中医疗法等，均有报道可改善孤独症的各种症状，但未见充足科学依据。
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